MTLAB 批量下载 脑医学图像数据集BrainWeb: Simulated Brain Database

MTLAB 批量下载 脑医学图像数据集BrainWeb: Simulated Brain Database

BrainWeb数据集的网址：https://brainweb.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/

1. 了解 BrainWeb: Simulated Brain Database

这是一个模拟大脑数据的数据库（SBD，Simulated Brain Database）。

SBD包含：一组MRI模拟器产生的真实的MRI数据量。

两组模拟器，一组基于正常的解剖模型（Normal），一组基于多发性硬化症的解剖模型(MS)。

其中，模拟脑MRI数据是三种序列(T1-、T2-和质子密度PD-)，可以设置各种切片厚度、噪声水平和强度不均匀水平模拟完整三维数据体。

2.MRI模拟器

MRI模拟器由McConnell Brain Imagingl中心开发，允许用户独立控制各种采集参数并获得真实的大脑MR图像。

该模拟器采用基于Bloch方程的第一性原理建模实现了核磁共振信号产生的离散事件模拟，并逼真地模拟了图像产生过程中的噪声和部分体积效应。

3.模拟正常大脑的三维数据体

使用Anatomical Model of Normal Brain模型模拟正常大脑的解剖数据。

可以自定义的参数为固定的3种模态、5种切片厚度、6种噪声水平和3种强度不均匀水平。

4. 下载正常大脑的三维数据体

以 模态= T1，协议= ICBM，幻像名称=正常，切片厚度= 1mm，噪声= 0％，INU = 0％为例，选择好参数后，点击下载【Download】

• 文件命名规则
  • 模态 T1,T2,PD
  • 协议 icmb
  • 脑图像名字：正常
  • 切片厚度 1mm,3mm,5mm,7mm,9mm
  • 噪声水平 pn0=0%;1%,3%,5%,7%,9%
  • 灰度不均匀水平 rf0=0%;20%,40%

    下载的数据格式：

    

    点击【start download】后，下载的文件格式为 .rawb，文件名为：t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb。图片的空间大小是181217181。

    用matlab打开文件及数据：

    Python

    function g = readrawb(filename, num)
    % 函数readrawb(filename, num)中的第一个参数filename是欲读取的rawb文件的文件名，第二个参数num就是第多少张。
    fid = fopen(filename);
    % 连续读取181*217*181个数据，这时候temp是一个长度为181*217*181的向量。
    % 先将rawb中的所有数据传递给temp数组，然后将tempreshape成图片集。
    temp = fread(fid, 181 * 217 * 181);
    % 所以把它变成了一个181*217行，181列的数组，按照它的代码，这就是181张图片的数据，每一列对应一张图。
    % 生成图片集数组。图片集images数组中每一列表示一张图片。
    images = reshape(temp, 181 * 217, 181);  
    % 读取数组中的第num行，得到数组再reshape成图片原来的行数和列数：181*217。
    image = images(:, num);
    image = reshape(image, 181, 217);
    g = image;
    fclose(fid);
    end
    function init_image(filename,num)
    % 函数init_image(filename,num)中的第一个参数filename是欲读取的rawb文件的文件名，第二个参数num就是第多少张。输出为原始图像，未处理
    %例如：init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)， init_image('phantom_1.0mm_normal_csf.rawb',90)
    read=readrawb(filename, num);
    % 旋转90°并显示出来
    read=imrotate(read, 90);                                       
    imshow(uint8(read));
    end
    

    在命令行窗口输入：

    init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)
    
    
    
    

    即可获得第90层的脑MR图像。

    

    5.批量保存数据体的全部数据为mat文件与jpg图像文件

    将全部181层的217*181大小的数据保存为mat文件与jpg图像文件，方便后续调用某一层的图像数据。

    前提需要新建一个空白文件夹“results”。

    clear
    clc
    filename='t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb';
    for i=1:181
        read{i}=readrawb(filename, i);
        read{i}=imrotate(read{i}, 90); 
        % imshow(uint8(read{i}));
        imwrite(uint8(read{i}),['.\results\', int2str(i), '.jpg']);
    end
    save image_data read
    
    
    
    
    

    

    新:现在有20种正常解剖模型 。

    下载基于 BrainWeb数据集 的 20 个正常大脑的多模态模型模拟得到的脑图

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